Das Vorläuferprojekt des heutigen GenderKompetenzZentrums war von 2003 bis 2010 als Drittmittelprojekt am Lehrstuhl von Prof. Dr. Susanne Baer an der Humboldt Universität zu Berlin angesiedelt. In enger Zusammenarbeit mit dem Zentrum für transdisziplinäre Geschlechterstudien (ZtG) wurden Forschung, Beratung und Weiterbildung zu Gender Mainstreaming betrieben. Das umfassende Archiv des früheren GenderKompetenzZentrums steht auch weiterhin zur Verfügung.